寧瑪派的教法傳承是與前弘時期的法統一脈相承的。在禁佛時期是採取極為隱蔽的方式進行傳授。吐蕃王朝崩潰後，很長時間無寺廟、無僧團，只有一批在家俗人咒師維護法統，有的則採取在家庭中父子相傳的方式進行傳法，法脈因而賴以不斷。
《青史》說，這些在家庭或居山岩的俗人對佛法非常敬重，也重修持。安達·熱巴堅王以前所有的《甘珠爾》、《丹珠爾》他們都保持得很完整。過去吐蕃時期所譯經典，大部分到今天我們都能看得到。
為什麼這些俗人沒有遭到滅法厄運？由於當時達磨贊普破壞的物件是寺廟和僧團，還未來得及對付這些在家的信徒。《西藏王臣記》說，有些外表是在家的俗人，實際是在家修持密咒金剛乘的人士，他們沒有露出出家人相，當時藏王和他的左右大臣都未注意到，故未遭到迫害。像這樣的人還為數不少。
一切智者·耶桑孜巴說，那時律乘教法雖然衰落了，但大密咒金剛乘教法方面直到如今都未衰落過。
西元10－11世紀時期即後弘初期，就有人或自費或被派到印度、尼婆羅等地去學習經教；有些是把印、尼高僧迎請入藏傳法，新翻譯了大量密乘典籍。由於師承不同，所傳教法不同，遂產生了派別，總稱為新譯密咒派或新派。如噶當、薩迦、噶舉等派均屬之。
寧瑪派的出現也在這一時期，開創人是素·釋迦炯乃，他得到許多從西元8、9世紀時傳下的密經傳承，他將這些密經加以整理，組織成為體系，建鄔巴隆寺，招聚門徒，公開傳播，構成素氏的一大傳承系統。
當時除素氏外，尚有絨宋的傳承系統、若氏家傳系統以及後來隆欽寧提的傳承系統。由於這些傳承系統都是弘揚前弘時期的經典法要，遂逐漸形成為一個獨立的宗派，歷史學家便稱他們這派為前譯密咒派，簡稱"舊派"。
舊派的傳承總分為兩大傳承系統，有直接傳授經典的，稱為經典傳承；有發掘埋藏的經典進而傳播的，則稱為伏藏傳承。
除這兩種傳承外，還有其他方式的傳承，如諸佛心傳等等。不過上面所說兩種傳承有比較詳細的記載，其他則多不詳了。
第一、經典傳承本派的傳承最早應追溯到西元8、9世紀赤松德贊王至赤熱巴堅王之間，他們先後迎請了蓮花生、法稱、無垢友、佛密等天竺大師多人來藏，傳出了寧瑪派的九乘中最後三乘，即《摩訶、阿魯、阿底三大瑜伽》，並由白若咱那、瑪·仁欽喬等人將這些密乘典籍譯成藏文，總括為《經》、《幻》、《心》三大部，習慣稱《經·幻·心》，若按九乘次序應該是《幻·經·心》。現將三部大密乘的傳法世系分述如下：1、幻《幻變網》的傳承。《幻變密藏續》等是無垢友傳瑪·仁欽喬。瑪傳祖茹·仁欽迅魯及吉熱·喬炯。二師又傳達吉·白季紮巴。達吉所傳的稱為欽浦派或要門派。達吉在藏衛弘傳教授，後又發展到朵康，遂產生了"衛派"和"康派"。
無垢友傳聶·奢那古瑪熱，聶傳梭布·白季耶協，梭布傳魯·桑結耶協，桑結傳庫隆巴·雲丹嘉措，他們都是前弘期和滅法時期傳持寧瑪派教法的主要人物。他們中尤以魯·桑結耶協最為有名，他在藏已得到了《經·幻·心》密典的全部傳授，尚不為足，又遠赴印度、尼婆羅、勃律等國取回內外密法一切續經使之流傳，對密乘貢獻極大。有人說前弘密法有三大傳承時期：初期為蓮花生、中期為白若咱那、後期為魯·桑結耶協，魯是西元9世紀赤熱巴堅王時人，他活到西元10世紀初赤紮喜孜巴王時代，據說他活了113歲。在前弘後弘兩個時期，他承先啟後起了很大的作用。熱巴堅王時他又得到大缽闡布的稱號，地位很高，所以舊派的許多重要經典才能夠保存下來。桑結傳法給他的兒子庫隆巴，庫隆巴四傳至娘·耶協炯乃，耶協炯乃才傳到了素·釋迦炯乃。
素·釋迦炯乃(1002－1062)，通稱素布齊，又稱他為拉結·鄔巴隆巴。他得到庫隆巴傳下來的《經·幻·心》全部傳授和前弘時傳下來的其他教授，進行整理。首先研究哪些是根本經典，哪些是解釋經典。在經的正文上又配以注釋；在續部和修部上配以實修方便；在修法中配合了儀軌念誦等，使寧瑪派教法在理論和實修方面構成了一個比較完整的體系。他又修建了卓浦寺，一時法緣很盛。從此寧瑪教派的派名才大大地顯著起來。這一派稱為寧瑪派之"素"派。
又庫隆巴父子將法傳給娘·協饒喬，協饒喬傳娘·耶協炯乃。耶協炯乃的法嗣後來又發展成絨派或稱為娘派，成為經典傳承的另一支系。
素·釋迦炯乃收素瓊·協饒紮為養子，傳法給他使其繼承法位。素瓊意為小素，別名德協甲沃巴。小素的兒子名卓浦巴·釋迦僧格，他從其父的弟子四大柱大師聽受了《經·幻·心》三部密經教授和修證要訣，又從論·釋迦降曲學《大圓滿法》，從達瑪索南學《心品》，往北方絳地大弘寧瑪派教法。卓浦巴的弟子很多，開的支系也少。素氏三代到此為極盛時期。
卓浦巴的高足弟子拉帷そ詼丶啄?1126－1195)，節敦先與卓浦巴辯論，辯後得勝，卓浦巴大喜，遂將教授全部傳授給他。他又得塞覺尊多吉傳給他根本續經的講解和實修細節，所以他所得到的寧瑪派法要較其他"素派"人所得尤為完備(《智者喜筵》618頁)。
節敦甲那弟子甚多，最優秀者是他的侄子大喇嘛雲丹松(1126－1195)，或稱節敦·覺松。曾從叔父節敦學《修部八教》以及《阿魯、阿底瑜伽》的續經講解及實修要門。
雲丹松的有名弟子是錫布杜滋(1149－1199)，最初在舅父處聽受了《大圓滿》"絨派"傳規。舅父死後，便親近雲丹松，學習《心品》各種教授，以後又聽受了"果派"、"絨派"、"康派"等不同的傳規教授。
錫布杜滋的弟子達敦覺耶(1163－1230)，參拜錫布得到錫布的全部教授。達敦的弟子即達敦思吉。
卓浦巴的另一傳承系統是在他的弟子藏巴·基敦時開始的。基敦傳藏那畏巴，畏巴五傳至素降巴僧格。素的弟子即雍孜巴和降仰桑珠多吉二人，成為一系。
雍敦巴名多吉白，是一位有名的寧瑪派大德。1298年曾應詔晉京，元世祖賞賜了他許多財物。他受比丘戒時的法名是多吉繃。
雍敦巴的弟子名嘎擋巴德協。此人在金沙江東岸德格修建噶陀寺，使寧瑪派的教法遍及于朵康地區，成為“康派”。卓浦巴的傳承還有許多小支，詳見《青史》、《智者喜筵》等書，這野就不盡述了。又《幻變》傳承除素氏而外尚有若氏家傳及徒傳，傳出續經講解和灌頂實修，得法之人為數不少，大多弘傳于鄧壩、藏堆、芒噶和南北拉堆等地。以上是以《幻變》為主的傳承。
2、經《集經》的傳承。開始由印度大德達耶若期達以《遍集明瞭經》和《集密意經》傳司陀熱瑪地拉，司陀傳尼婆羅達磨菩提與婆複多羅二人。二師又傳勃律的齊贊吉譯成藏文，由他們三人又傳魯·桑結耶協。&127;桑結傳其子雲丹嘉措，四傳至素·釋迦炯乃。釋迦炯乃以下與《幻變經》的傳承相同。總之《幻變》和《集經》的傳承以後均彙聚於素氏之門。以上是以《集經》為主的傳承。
在《經·幻·心》的經典派中，另一傳承系統是以絨宋·卻季桑布為主的。他與素·釋迦炯乃約略同時，他不僅博通經典，還擅長五明，懂梵文，在西藏有班智達之稱。絨宋大師得到有《經·幻·心》三部傳承絨宋系統傳持的密法以心品為主。
3、關於《心品》的傳承是起自蓮花生大師，師以教授傳拉朗·多吉杜炯，依次傳至絨本·仁欽楚逞之間，成為一支。
又前弘時期，由白若咱那傳玉紮寧布，玉傳至絨宋大師，此為《心品》傳承的另一支。
又鄧隆塘卓瑪地方有一名為阿若·耶協炯乃的修道士，據說此人得有天竺七傳、中土和尚七傳的教授，他將教授傳覺若·桑噶佐庫和亞司本敦，此二人又將教授傳與絨宋大師，這派傳承稱為《大圓滿》“康派”。
又前弘時期，毗瑪拉以教授傳娘·丁增桑布、瑪·仁欽喬和聶·奢那古瑪熱三人，後均由覺若·桑噶佐庫繼承。覺若又傳於庫·降曲畏，畏傳瓊傳佈·依畏，漸次傳給絨宋大師，故絨宋大師擁有《心品》各派的教授，傳法事業頗為興盛。他的法嗣大多向朵康發展，以後的傳承則不詳了。以上是《集經》傳承和《心品》的一部分的傳承。
《心品》的傳承併入《大圓滿》後稱為心部，又分為三部：心部、界部、要門部。
心部的傳承。心部共有十八經，前五經是白若咱那所譯傳，後十三經是無垢友所傳授。或稱心二十經。
心部的傳承亦來源於印度，傳入西藏後分為數支。先由印僧喜饒僧訶傳佛密，佛密傳無垢友，無垢友入藏傳西藏大澤師聶·奢那古瑪熱。又佛密傳白若咱那，白若先以教授傳藏王赤松德贊。後來白若三赴朵康，又分為三次傳授教授。首次傳玉紮寧布，由此次第傳授於梭布·桑結耶協，梭布傳魯·桑結耶協，成為心部傳承中之一派；第二次白若咱那以教授傳邦·桑結貢布，四傳至瑪爾巴·協饒畏，成為一支；第三次白若咱那回藏後又傳覺摩哲莫和瑪爾巴·協饒畏，六傳至素２氏的卓浦巴等，此又為一支(《青史》上。
界部的傳承。界部先是由印僧佛密傳無垢友，無垢友傳白若咱那，白若咱那傳邦·木龐貢布，七傳至鄭達摩菩提(1052－1168)，達磨把《金剛橋》教授傳給素穹巴。以後廣傳弟子，各出傳承，支系頗繁詳見《青史》。
要門部的傳承。要門部分為兩個傳承系統：《甚深大圓滿寧提》的傳承和《空行寧提》的傳承。這兩系傳持之法又多是伏藏法門。
《甚深大圓滿寧提》的傳承。先由印僧喜饒僧訶傳大善巧耶協多。喜饒僧訶以上的傳承與《心品》相同。耶協多傳無垢友，無垢友傳藏王赤熱巴堅和娘·丁增桑布，丁增桑布建伍茹的夏拉康廟，將《寧提》等法埋藏廟中。約在後弘初期，由鄧瑪·倫珠堅贊掘出伏藏，傳出節准·僧格旺秋。節准又將《甯提》單傳娘·噶當巴，娘將其分三處埋藏。30年後，絨那達的節貢·那波將一部分伏藏取出自己精修，並廣傳他人。約在西元1076年，朗仲伽巴達的香巴熱巴又繼續取出伏藏，在節貢取出伏藏約十年後，羊卓的向·紮西多吉也開發了伏藏，將這些伏藏經典向大眾普遍講說，並傳其子尼邦(1158－1213)，尼邦傳覺白。
覺白或稱古汝覺白，是尼邦兄之子，他得其叔傳授《甯提》法門，後又廣從名師學習新派密法並注重顯教學習(《青史》上242－243頁、《智者喜筵》上576頁)。
覺白的弟子楚西·僧格郊巴(1223－1303)，僧格郊巴弟子梅龍多吉(1243－1303)，梅龍多吉的弟子仁增·鳩摩羅奢(1266－343)，鳩摩羅奢的弟子隆欽然絳巴。
隆欽然絳巴(1308－1364)，本名智美沃色。他在鳩摩羅奢座前求得《大圓滿寧提》的全部教授，又在鄧壩從阿奢黎迅努鄧朱學《經·幻·心》等教授，依照《寧提》的教授解釋《秘密藏續》經義，著有《寧提》法類數十種，總名《喇嘛央提》，還著有《七寶藏論》，分別闡發了大圓滿的要義，成為寧瑪派《寧提》法門中最重要的論典。他曾到過不丹，把寧瑪派的教法首次弘傳於不丹地區。晚年又累次講《空行寧提》。這一派的弟子很多，稱為隆欽寧提派(《青史》上248－250頁、《智者喜筵》上576－578頁)。
《空行寧提》的傳承。是由印僧噶饒多吉傳仁增室利增訶，僧訶傳蓮花生，蓮花生傳佛母耶協措傑，耶協措傑為利益未來眾生，將大法作為伏藏埋藏。在西元12世紀時由白瑪勒哲則將伏藏取出傳傑賽·勒巴堅贊和雍敦·多吉白等人(《土觀宗派源流》66－67頁)。以上是寧瑪派的經典傳承，也包括一小部分伏藏傳承。
自西元14世紀以後，很少有經典傳承的情況記載，從西元13世紀起，伏藏法門極為流行，很多人轉向學習伏藏，如經典傳承人錫布杜滋之子木局多吉就傳持伏藏法，14世紀時的雍敦·多吉白也是一位大掘藏師。此時的經典傳持者大多轉入伏藏的傳承中去了。
第二、伏藏傳承
伏藏的來源是：前弘時期由連花生大師、無垢友、赤松德贊王、耶協措傑、魯·南喀甯布、白若咱那、魯·桑結耶協等人，先後將密乘經典法門埋藏於山岩土石之間。到後弘期時，逐漸有人將這些經典發掘出來，弘傳於人，這些經典便稱為伏藏法。《集密意續》、《密集續》、《幻變網》、《修部八教》、《如來總匯》、《文武百聖》、《閻曼德迦》、《馬頭金剛》、《金剛橛》等經典講解、教敕、灌頂以及修法的儀軌事相等，皆是伏藏法要。伏藏中最重要者為《大圓滿》，伏藏中所發掘出來的經書與經典傳承所傳之經典大多相同。不過，有的經書中當然有偽造改篡之事。伏藏之法，天竺古來就有，藏地其他宗派是屢見不鮮的。甯瑪派的伏藏法從根本續到實修事相有一套比較完整的體系。
至西元11世紀時，紮巴恩謝堅將所掘出之伏藏收集在一起，修建了以紮塘為首的108處道場收藏之。當時最重要的發現是發掘了《醫明四續論》。至於寧瑪派最主要的密典發掘是西元12、13世紀之時，由有名的上下大掘藏師掘出的。上掘藏名安達娘，本名尼瑪沃色，或稱娘熱巴。他在洛紮的昆庭、紮森摩八吉和馬沃角等處掘出密宗最重要的法典和法器。他把伏藏大法傳給其子安達·卓袞南喀白，南喀白傳子羅丹，羅丹傳子兌杜。下掘藏師名古汝卻季旺秋。他曾在洛紮的喀曲和朗格紮等處掘出《修部八教》、《密集》、《金剛橛》、《馬頭明王》等重要密法。他的弟子白旺欽繼承了他的事業。
伏藏中最大的發現是《寧提》四部：
《毗瑪寧提》：暗藏在桑耶秦浦，由掘藏師鄧瑪倫傑掘出；
《堪卓寧提》：系佛母措傑獨得蓮花生大師傳授，由掘藏師白瑪勒哲則掘出；
《喇嘛央提》：此為隆欽然絳巴所掘，是廣釋《毗瑪寧提》的書
《堪卓央提》：亦是隆欽然絳巴所掘，是廣釋《堪卓寧提》的書
上下掘藏大師等掘出之伏藏法是甯瑪派根本典籍，作為講解和實修的重要依據。繼上下掘藏大師之後，又出現了許多有名的掘藏師，掘出了不少重要密典，尤其是還掘出了重要的歷史文獻。如西元14世紀鄔堅林巴掘出的《五部遺教》等等。
西元15世紀時，熱特林巴將上下兩大掘藏師等所掘出的伏藏彙集到一起，稱為南藏。西元17世紀居美多吉在雅魯藏布江南岸建敏珠林寺，寺中講修教典以南藏為主。西元16世紀仁增郭季定楚堅也掘出不少伏藏，並與前代所掘的彙集一起，稱為北藏。西元16世紀北方絳地的紮西多吉在雅魯藏布江北岸建艾旺噶巴卻德道場，其子仁增阿格旺布始正式擴建為多吉紮寺，寺中講修教典則以北藏為主。以上是伏藏傳承情況，由於後期所有掘藏大師都各建寺廟，弘傳自己所掘出的教法，遂以寺廟為單位，形成了各自的傳承系統。
舊派的傳承總分為兩大傳承系統，有直接傳授經典的，稱為經典傳承；有發掘埋藏的經典進而傳播的，則稱為伏藏傳承。
除這兩種傳承外，還有其他方式的傳承，如諸佛心傳等等。不過上面所說兩種傳承有比較詳細的記載，其他則多不詳了。
第一、經典傳承本派的傳承最早應追溯到西元8、9世紀赤松德贊王至赤熱巴堅王之間，他們先後迎請了蓮花生、法稱、無垢友、佛密等天竺大師多人來藏，傳出了寧瑪派的九乘中最後三乘，即《摩訶、阿魯、阿底三大瑜伽》，並由白若咱那、瑪·仁欽喬等人將這些密乘典籍譯成藏文，總括為《經》、《幻》、《心》三大部，習慣稱《經·幻·心》，若按九乘次序應該是《幻·經·心》。現將三部大密乘的傳法世系分述如下：1、幻《幻變網》的傳承。《幻變密藏續》等是無垢友傳瑪·仁欽喬。瑪傳祖茹·仁欽迅魯及吉熱·喬炯。二師又傳達吉·白季紮巴。達吉所傳的稱為欽浦派或要門派。達吉在藏衛弘傳教授，後又發展到朵康，遂產生了"衛派"和"康派"。
無垢友傳聶·奢那古瑪熱，聶傳梭布·白季耶協，梭布傳魯·桑結耶協，桑結傳庫隆巴·雲丹嘉措，他們都是前弘期和滅法時期傳持寧瑪派教法的主要人物。他們中尤以魯·桑結耶協最為有名，他在藏已得到了《經·幻·心》密典的全部傳授，尚不為足，又遠赴印度、尼婆羅、勃律等國取回內外密法一切續經使之流傳，對密乘貢獻極大。有人說前弘密法有三大傳承時期：初期為蓮花生、中期為白若咱那、後期為魯·桑結耶協，魯是西元9世紀赤熱巴堅王時人，他活到西元10世紀初赤紮喜孜巴王時代，據說他活了113歲。在前弘後弘兩個時期，他承先啟後起了很大的作用。熱巴堅王時他又得到大缽闡布的稱號，地位很高，所以舊派的許多重要經典才能夠保存下來。桑結傳法給他的兒子庫隆巴，庫隆巴四傳至娘·耶協炯乃，耶協炯乃才傳到了素·釋迦炯乃。
素·釋迦炯乃(1002－1062)，通稱素布齊，又稱他為拉結·鄔巴隆巴。他得到庫隆巴傳下來的《經·幻·心》全部傳授和前弘時傳下來的其他教授，進行整理。首先研究哪些是根本經典，哪些是解釋經典。在經的正文上又配以注釋；在續部和修部上配以實修方便；在修法中配合了儀軌念誦等，使寧瑪派教法在理論和實修方面構成了一個比較完整的體系。他又修建了卓浦寺，一時法緣很盛。從此寧瑪教派的派名才大大地顯著起來。這一派稱為寧瑪派之"素"派。
又庫隆巴父子將法傳給娘·協饒喬，協饒喬傳娘·耶協炯乃。耶協炯乃的法嗣後來又發展成絨派或稱為娘派，成為經典傳承的另一支系。
素·釋迦炯乃收素瓊·協饒紮為養子，傳法給他使其繼承法位。素瓊意為小素，別名德協甲沃巴。小素的兒子名卓浦巴·釋迦僧格，他從其父的弟子四大柱大師聽受了《經·幻·心》三部密經教授和修證要訣，又從論·釋迦降曲學《大圓滿法》，從達瑪索南學《心品》，往北方絳地大弘寧瑪派教法。卓浦巴的弟子很多，開的支系也少。素氏三代到此為極盛時期。
卓浦巴的高足弟子拉帷そ詼丶啄?1126－1195)，節敦先與卓浦巴辯論，辯後得勝，卓浦巴大喜，遂將教授全部傳授給他。他又得塞覺尊多吉傳給他根本續經的講解和實修細節，所以他所得到的寧瑪派法要較其他"素派"人所得尤為完備(《智者喜筵》618頁)。
節敦甲那弟子甚多，最優秀者是他的侄子大喇嘛雲丹松(1126－1195)，或稱節敦·覺松。曾從叔父節敦學《修部八教》以及《阿魯、阿底瑜伽》的續經講解及實修要門。
雲丹松的有名弟子是錫布杜滋(1149－1199)，最初在舅父處聽受了《大圓滿》"絨派"傳規。舅父死後，便親近雲丹松，學習《心品》各種教授，以後又聽受了"果派"、"絨派"、"康派"等不同的傳規教授。
錫布杜滋的弟子達敦覺耶(1163－1230)，參拜錫布得到錫布的全部教授。達敦的弟子即達敦思吉。
卓浦巴的另一傳承系統是在他的弟子藏巴·基敦時開始的。基敦傳藏那畏巴，畏巴五傳至素降巴僧格。素的弟子即雍孜巴和降仰桑珠多吉二人，成為一系。
雍敦巴名多吉白，是一位有名的寧瑪派大德。1298年曾應詔晉京，元世祖賞賜了他許多財物。他受比丘戒時的法名是多吉繃。
雍敦巴的弟子名嘎擋巴德協。此人在金沙江東岸德格修建噶陀寺，使寧瑪派的教法遍及于朵康地區，成為“康派”。卓浦巴的傳承還有許多小支，詳見《青史》、《智者喜筵》等書，這野就不盡述了。又《幻變》傳承除素氏而外尚有若氏家傳及徒傳，傳出續經講解和灌頂實修，得法之人為數不少，大多弘傳于鄧壩、藏堆、芒噶和南北拉堆等地。以上是以《幻變》為主的傳承。
2、經《集經》的傳承。開始由印度大德達耶若期達以《遍集明瞭經》和《集密意經》傳司陀熱瑪地拉，司陀傳尼婆羅達磨菩提與婆複多羅二人。二師又傳勃律的齊贊吉譯成藏文，由他們三人又傳魯·桑結耶協。&127;桑結傳其子雲丹嘉措，四傳至素·釋迦炯乃。釋迦炯乃以下與《幻變經》的傳承相同。總之《幻變》和《集經》的傳承以後均彙聚於素氏之門。以上是以《集經》為主的傳承。
在《經·幻·心》的經典派中，另一傳承系統是以絨宋·卻季桑布為主的。他與素·釋迦炯乃約略同時，他不僅博通經典，還擅長五明，懂梵文，在西藏有班智達之稱。絨宋大師得到有《經·幻·心》三部傳承絨宋系統傳持的密法以心品為主。
3、關於《心品》的傳承是起自蓮花生大師，師以教授傳拉朗·多吉杜炯，依次傳至絨本·仁欽楚逞之間，成為一支。
又前弘時期，由白若咱那傳玉紮寧布，玉傳至絨宋大師，此為《心品》傳承的另一支。
又鄧隆塘卓瑪地方有一名為阿若·耶協炯乃的修道士，據說此人得有天竺七傳、中土和尚七傳的教授，他將教授傳覺若·桑噶佐庫和亞司本敦，此二人又將教授傳與絨宋大師，這派傳承稱為《大圓滿》“康派”。
又前弘時期，毗瑪拉以教授傳娘·丁增桑布、瑪·仁欽喬和聶·奢那古瑪熱三人，後均由覺若·桑噶佐庫繼承。覺若又傳於庫·降曲畏，畏傳瓊傳佈·依畏，漸次傳給絨宋大師，故絨宋大師擁有《心品》各派的教授，傳法事業頗為興盛。他的法嗣大多向朵康發展，以後的傳承則不詳了。以上是《集經》傳承和《心品》的一部分的傳承。
《心品》的傳承併入《大圓滿》後稱為心部，又分為三部：心部、界部、要門部。
心部的傳承。心部共有十八經，前五經是白若咱那所譯傳，後十三經是無垢友所傳授。或稱心二十經。
心部的傳承亦來源於印度，傳入西藏後分為數支。先由印僧喜饒僧訶傳佛密，佛密傳無垢友，無垢友入藏傳西藏大澤師聶·奢那古瑪熱。又佛密傳白若咱那，白若先以教授傳藏王赤松德贊。後來白若三赴朵康，又分為三次傳授教授。首次傳玉紮寧布，由此次第傳授於梭布·桑結耶協，梭布傳魯·桑結耶協，成為心部傳承中之一派；第二次白若咱那以教授傳邦·桑結貢布，四傳至瑪爾巴·協饒畏，成為一支；第三次白若咱那回藏後又傳覺摩哲莫和瑪爾巴·協饒畏，六傳至素２氏的卓浦巴等，此又為一支(《青史》上。
界部的傳承。界部先是由印僧佛密傳無垢友，無垢友傳白若咱那，白若咱那傳邦·木龐貢布，七傳至鄭達摩菩提(1052－1168)，達磨把《金剛橋》教授傳給素穹巴。以後廣傳弟子，各出傳承，支系頗繁詳見《青史》。
要門部的傳承。要門部分為兩個傳承系統：《甚深大圓滿寧提》的傳承和《空行寧提》的傳承。這兩系傳持之法又多是伏藏法門。
《甚深大圓滿寧提》的傳承。先由印僧喜饒僧訶傳大善巧耶協多。喜饒僧訶以上的傳承與《心品》相同。耶協多傳無垢友，無垢友傳藏王赤熱巴堅和娘·丁增桑布，丁增桑布建伍茹的夏拉康廟，將《寧提》等法埋藏廟中。約在後弘初期，由鄧瑪·倫珠堅贊掘出伏藏，傳出節准·僧格旺秋。節准又將《甯提》單傳娘·噶當巴，娘將其分三處埋藏。30年後，絨那達的節貢·那波將一部分伏藏取出自己精修，並廣傳他人。約在西元1076年，朗仲伽巴達的香巴熱巴又繼續取出伏藏，在節貢取出伏藏約十年後，羊卓的向·紮西多吉也開發了伏藏，將這些伏藏經典向大眾普遍講說，並傳其子尼邦(1158－1213)，尼邦傳覺白。
覺白或稱古汝覺白，是尼邦兄之子，他得其叔傳授《甯提》法門，後又廣從名師學習新派密法並注重顯教學習(《青史》上242－243頁、《智者喜筵》上576頁)。
覺白的弟子楚西·僧格郊巴(1223－1303)，僧格郊巴弟子梅龍多吉(1243－1303)，梅龍多吉的弟子仁增·鳩摩羅奢(1266－343)，鳩摩羅奢的弟子隆欽然絳巴。
隆欽然絳巴(1308－1364)，本名智美沃色。他在鳩摩羅奢座前求得《大圓滿寧提》的全部教授，又在鄧壩從阿奢黎迅努鄧朱學《經·幻·心》等教授，依照《寧提》的教授解釋《秘密藏續》經義，著有《寧提》法類數十種，總名《喇嘛央提》，還著有《七寶藏論》，分別闡發了大圓滿的要義，成為寧瑪派《寧提》法門中最重要的論典。他曾到過不丹，把寧瑪派的教法首次弘傳於不丹地區。晚年又累次講《空行寧提》。這一派的弟子很多，稱為隆欽寧提派(《青史》上248－250頁、《智者喜筵》上576－578頁)。
《空行寧提》的傳承。是由印僧噶饒多吉傳仁增室利增訶，僧訶傳蓮花生，蓮花生傳佛母耶協措傑，耶協措傑為利益未來眾生，將大法作為伏藏埋藏。在西元12世紀時由白瑪勒哲則將伏藏取出傳傑賽·勒巴堅贊和雍敦·多吉白等人(《土觀宗派源流》66－67頁)。以上是寧瑪派的經典傳承，也包括一小部分伏藏傳承。
自西元14世紀以後，很少有經典傳承的情況記載，從西元13世紀起，伏藏法門極為流行，很多人轉向學習伏藏，如經典傳承人錫布杜滋之子木局多吉就傳持伏藏法，14世紀時的雍敦·多吉白也是一位大掘藏師。此時的經典傳持者大多轉入伏藏的傳承中去了。
第二、伏藏傳承
伏藏的來源是：前弘時期由連花生大師、無垢友、赤松德贊王、耶協措傑、魯·南喀甯布、白若咱那、魯·桑結耶協等人，先後將密乘經典法門埋藏於山岩土石之間。到後弘期時，逐漸有人將這些經典發掘出來，弘傳於人，這些經典便稱為伏藏法。《集密意續》、《密集續》、《幻變網》、《修部八教》、《如來總匯》、《文武百聖》、《閻曼德迦》、《馬頭金剛》、《金剛橛》等經典講解、教敕、灌頂以及修法的儀軌事相等，皆是伏藏法要。伏藏中最重要者為《大圓滿》，伏藏中所發掘出來的經書與經典傳承所傳之經典大多相同。不過，有的經書中當然有偽造改篡之事。伏藏之法，天竺古來就有，藏地其他宗派是屢見不鮮的。甯瑪派的伏藏法從根本續到實修事相有一套比較完整的體系。
至西元11世紀時，紮巴恩謝堅將所掘出之伏藏收集在一起，修建了以紮塘為首的108處道場收藏之。當時最重要的發現是發掘了《醫明四續論》。至於寧瑪派最主要的密典發掘是西元12、13世紀之時，由有名的上下大掘藏師掘出的。上掘藏名安達娘，本名尼瑪沃色，或稱娘熱巴。他在洛紮的昆庭、紮森摩八吉和馬沃角等處掘出密宗最重要的法典和法器。他把伏藏大法傳給其子安達·卓袞南喀白，南喀白傳子羅丹，羅丹傳子兌杜。下掘藏師名古汝卻季旺秋。他曾在洛紮的喀曲和朗格紮等處掘出《修部八教》、《密集》、《金剛橛》、《馬頭明王》等重要密法。他的弟子白旺欽繼承了他的事業。
伏藏中最大的發現是《寧提》四部：
《毗瑪寧提》：暗藏在桑耶秦浦，由掘藏師鄧瑪倫傑掘出；
《堪卓寧提》：系佛母措傑獨得蓮花生大師傳授，由掘藏師白瑪勒哲則掘出；
《喇嘛央提》：此為隆欽然絳巴所掘，是廣釋《毗瑪寧提》的書
《堪卓央提》：亦是隆欽然絳巴所掘，是廣釋《堪卓寧提》的書
上下掘藏大師等掘出之伏藏法是甯瑪派根本典籍，作為講解和實修的重要依據。繼上下掘藏大師之後，又出現了許多有名的掘藏師，掘出了不少重要密典，尤其是還掘出了重要的歷史文獻。如西元14世紀鄔堅林巴掘出的《五部遺教》等等。
西元15世紀時，熱特林巴將上下兩大掘藏師等所掘出的伏藏彙集到一起，稱為南藏。西元17世紀居美多吉在雅魯藏布江南岸建敏珠林寺，寺中講修教典以南藏為主。西元16世紀仁增郭季定楚堅也掘出不少伏藏，並與前代所掘的彙集一起，稱為北藏。西元16世紀北方絳地的紮西多吉在雅魯藏布江北岸建艾旺噶巴卻德道場，其子仁增阿格旺布始正式擴建為多吉紮寺，寺中講修教典則以北藏為主。以上是伏藏傳承情況，由於後期所有掘藏大師都各建寺廟，弘傳自己所掘出的教法，遂以寺廟為單位，形成了各自的傳承系統。
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